平成25年4月1日以降の不動産登記に関する登録免許税についてです。
ポイントは以下の2点です。
1　租税特別措置法７２条は２年延長によって今まで通り、
2　租税特別措置法８４条の５関係（オンライン申請の特別控除）は廃止となります。
オンライン申請へのインセンティブが　↓　ですね　(T_T)
以下、法務省のHPからの抜粋です。
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji05_00146.html
平成２５年４月１日以降の登録免許税に関するお知らせ（不動産登記関係）
２０１３年度（平成２５年度）税制改正関連法案が３月１日に閣議決定され，
国会において審議がされているところですが，
不動産登記に係る登録免許税に関する改正内容の主なものとして，
次のとおり延長及び廃止の措置を講ずることとされていますので，お知らせします。
なお，国会における審議によっては，変更となることがありますので，その点，御承知おき願います。
＜租税特別措置法第７２条関係＞
適用期限の２年延長（平成２５年３月３１日→平成２７年３月３１日）

(1)土地の売買による所有権の移転の登記及び
(2)土地の所有権の信託の登記に係る登録免許税の軽減措置
（租税特別措置法（昭和３２年法律第２６号）第７２条）につきましては，
その適用期限を２年延長することとされています。
したがいまして，
上記の税制改正関連法案が国会で可決・成立した場合には，
平成２７年３月３１日までの間に受ける登記の申請について，
税率の軽減措置が適用されることとなります。

（参考：税率）

(1) 土地の売買による所有権の移転の登記

1000分の15
(2) 土地の所有権の信託の登記

1000分の3
＜租税特別措置法第８４条の５関係＞
特別控除の廃止（平成２５年３月３１日をもって廃止）

オンラインによって登記の申請を行う場合の登録免許税の特別控除
（租税特別措置法（昭和３２年法律第２６号）第８４条の５）につきましては，
平成２５年３月３１日をもって廃止することとされています。

したがいまして，上記の税制改正関連法案が国会で可決・成立した場合には，
同年４月１日以降に受ける登記の申請について，
特別控除を受けることができないこととなります。